平成23年来、境内主要建物を平成8年1月に文化庁文化財保護部長により通達された「文化財建造物の地震における安全確保に関する指針」に対応して、平成13年4月付で通知された「重要文化財（建築物）耐震診断指針に基づく基礎診断実施要領」による耐震診断を実施した結果、下記の建物は耐震診断指針で必要とされる耐震性能を確保しておらず、「当該敷地に於いて想定される最大級の地震動で倒壊の危険性がある。」と判断されるに至りました。
この状況を鑑み、四棟を第一期耐震改修工事として計画着工し、令和元年9月末に無事完工いたしました。第二期耐震改修工事は令和６年３月２５日に落慶致しました。
第一期耐震改修工事
虎嘯窟
明治44（1911）年、山形県 總穏寺書院を移築建立。木造平屋建て、廷べ面積170.06m2。 令和元年10月7日落慶。
紫雲臺
大正4（1915）年建立。入母屋造瓦葺、総桧木造平屋建て延べ面積1162.635m2。令和元年10月7日落慶。
祥雲閣
大正4（1915）年に石川県七尾市 神野家の奥座敷を移転建立。木造2階建て、建築面積537.26ｍ2。平成27年9月30日落慶。
天真閣
昭和12年（1937）年建立。1階RC造、2階木造、1階２階の床面積合計は1062.34ｍ2。平成27年9月30日落慶。
第二期耐震改修工事
放光堂
明治44（1911）年、山形県 總穏寺本堂を移築建立。木造平屋建て、延べ面積698.71m2 令和６年３月２５日落慶。
附属する仮真殿は令和５年８月７日に登録有形文化財に指定。
待鳳館
大正4（1915）年建立。大正12（1923）年の関東大震災にて一部を残して倒壊後、昭和32（1957）年に徳川家旧書院を移築。総桧木造平屋建て、延べ面積582.15m2 令和６年３月２５日落慶。
佛殿
大正4（1915）年建立。入母屋2層木造平屋建て、延べ面積548.70m2令和６年３月２５日落慶。
地上回廊新築工事
新築地上回廊はバリアフリー仕様で延べ面積172.08坪。大祖堂から佛殿、放光堂をつないでおります。平成27年9月30日落慶。