大祖堂は、一般的にいわれる開山堂と法堂を兼ねた本堂客殿です。千畳敷の内中外陣と、９８２坪の地下室を有し、瓦葺形の銅版屋根は５３トンに及びます。貫首禅師演法の大道場たるのみならず、諸種法要修行の場とされます。

この殿堂の内陣の奥には「伝灯院」として、高祖大師・太祖大師・二祖国師・五院開基の尊像及び独住禅師のご真牌が奉安されています。

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太祖瑩山（けいざん）禅師と高祖道元（どうげん）禅師、二祖・峨山（がさん）禅師をはじめとして、歴代の諸禅師の頂相を安置し、あわせて諸尊牌をも奉祀する靈場であります。孤峰（こほう）禅師筆の扁額「現身説法」瑩山・峨山両尊が、常に真理を説き続け、私たちを導いてくださる祖師方が常在される大道場なのです。

日々、歴代の禅師様が生きているがごとくお仕えして、徳恩に報いております。 明治４１年（１９０８）、能登から現在の横浜鶴見が丘に御移東の官許を得て、移転の建設は着々と進行しました。しかし七堂伽藍の中枢であり、本山の最重要な大祖堂の建立は、幾多の事情から未建設でありました。昭和４０年（１９６５）３月、二祖・峨山禅師の６００回大遠忌を記念して、ようやく竣工・落慶しました。普蔵院・太源宗真（たいげんそうしん）をはじめとする妙高庵・通幻寂霊（つうげんじゃくれい）、洞川庵・無端祖環（むたんそかん）、伝法庵・大徹宗令（だいてつそうりょう）、如意庵・実峰良秀（じっぽうりょうしゅう）各禅師の尊像を配し、向かって左側には輪住、独住の諸禅師の尊牌を祀っています。

瑩山禅師が説示された「師檀和合の信念」がひとつに結晶して、巨額な浄財によって大祖堂が建立されました。タタミ千畳敷きの広さのなかで、朝夕の勤行、檀信徒の法要が親しく厳修されています。時に揺るぎない三国（インド、中国、日本）伝燈の大本山の霊場が、不断に脈打ち、現成されているのです。

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瑞応殿