昭和12年（1937）、後醍醐天皇の600年御遠忌を記念して建立されました。

後醍醐天皇は、太祖・瑩山禅師の高い徳風の評判をお聞きになり、信仰上の10か条にのぼる疑問を提示されたところ、禅師は見事にお答えになったことから、元亨2年（1322）、「曹洞出世の道場」の綸旨を下賜され、總持寺は官寺に昇格しました。

御霊殿には、後醍醐天皇の尊像、尊儀をはじめ、後村上天皇、後奈良天皇、後桃園天皇、後陽成天皇、後光明天皇、明治天皇、大正天皇、昭和天皇の各ご尊儀が奉安されています。